君が彼女を好きであろうとなかろうと、彼女は結婚できない。

English Translation

Whether you like her or not, you can’t marry her.

The latter clause is incorrect.

彼女結婚できない = She can’t marry (anyone including you).

彼女とは結婚できない = You can’t marry her, but you may do someone else.

彼女結婚できない = You can’t marry her.